DNA序列比对——Blast，序列比对界中的先锋！

NCBI 中的 Blast 被誉为序列比对界中的先锋，并非浪得虚名的，它多才多艺（功能多样），博学多识（比对面面俱到），还广交天下名人雅士（可获得各大数据库的信息）。 今天，小编让大家见识一下老大的风采。

首先，登陆 blast 主页blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 

Blast导航主页面主体包括三部分 BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST和Specialized BLAST。 

BLAST Assembled Genomes：就是让你选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面。

Basic BLAST 包含 5 个常用的 Blast： 

1.BLASTP 是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。 

2.BLASTX 是核酸序列到蛋白库中的一种查询。 

3.BLASTN 是核酸序列到核酸库中的一种查询。

4.TBLASTN 是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与 BLASTX 相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 

5.TBLASTX 是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6 条可能的蛋白序列）。 

Specialized BLAST：是一些特殊目的的 Blast，如 Primer-BLAST、IgBLAST。

假设以下为一未知蛋白序列，我们通过 blast 搜索来获取一些这个序列的信息。 

点击选择“BLASTP"，粘贴序列到规定地方。

点击“Algorithm paramerters"设置详细参数：

点击运行后，结果如下图，请注意数据库的名字和说明，如果不合适，请迷途知返哦~

Blast 的结果显示图：颜色比例尺，可以简单的理解为红色的线表示有较好的比对结果。

Blast 结果的描述区域, Max Score：匹配片段越长、 相似性越高则 Score 值越大。 

E value 是得到上述 Score 值的概率的大小。E 值越小表示随机情况下得到该 Score 值的可能性越低。

Blast 比对结果的详细版:Expect(E 值)、Identities（一致性）、Gaps（缺失或插入）三项是评价blast 结果的标准。E 值接近零或者为零时，具体上就是*匹配了。一致性：匹配上的碱基 数占总序列长的百分数。

有料，但不难理解 

有用，但不难操作 

这就是 blast 的魅力所在