【专栏】一文总结LncRNA研究思路

lncRNA 参与了 X 染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，很多人看到 lncRNA 的热点还没有过去，经常会问如果没有相关的工作基础，如何开始 lncRNA 的研究?今天我们就褪去虚伪假衣，研究的大方向是这样子的：

1. 寻找到 lncRNA 分子 

2. lncRNA 分子表型研究 

3. lncRNA 通过何种机制调节表型？

将这些研究方向及实验手段按层次的方式绘成流程图，如下所示：

首先，是样本的准备与收集，高质量的样本是实验结果具有可靠性的前提。 

其次，是 lncRNA 检测，可以先通过芯片的方式高通量筛选到目的基因，然后通过 q-PCR 或 Northernblot 的方法验证所得到的芯片结果。 

再次，其研究方向根据研究目的而定。如果是研究生物标志物，那么可以通过收集更多的临床样本，研究 lncRNA 对疾病的指示作用。如果是研究其功能，则是研究其细胞表型，分子表型及机制。

是不是觉得这和 miRNA 的总体研究思路相似呢？这时可以根据各自的实验平台条件选择相应的研究。值得注意的是，lncRNA 的功能研究并不像 miRNA 一样通过 3’UTR 影响翻译套路，总的来说 lncRNA 机制研究套路还不成熟。对于很多科研工作者，lncRNA 分子的获得及其细胞表型的获得并非难事，关键在于如何进一步进行研究，这时候就要涉及到对功能研究的定位。归纳如下：

lncRNA 的功能分为 3 方面: 

1. 是通过修饰染色体参与表观调节； 

2. 通过与转录因子的相互作用参与转录调节； 

3. 通过影响 mRNA 处理过程参与转录后调节。 

在以上 3 个方向的研究中，其中转录后调节相对简单，大家在选择 lncRNA 的时候，可以对其序列做一下分析，看看自己研究的 lncRNA 是作为 miRNA 的 sources 还是 sinks？

另外两方面的调节机制均涉及 RNA-蛋白质的相互作用。在没有目的蛋白的时候，此时不得不使用*技术，用于检测 RNA-蛋白质相互作用的实验手段如下：

RNA-蛋白质相互作用的检测手段有 nRIP，CLIP；lncRNA 由于其长片段核苷酸序列，碱基之间相互作用，通常二级结构，可通过 RNase 足迹等实验手段进行探讨；在染色体结构修饰作用中，还会涉及 RNA-RNA 的相互作用，可通过 CHIRP 等实验手段来研究。

由于上述实验手段比较难得，lncRNA 的机制研究相对还是比较困难。那我们该怎样进行 lncRNA 研究呢？咱换个思路，不要将 lncRNA 作为一个调节分子，而是把 lncRNA 当做和 mRNA 一样的分子来研究，尽管很少表达蛋白。在体外，可以通过分子干扰手段，进行分子及表型研究；在体内，也是如此。两者通过各种组合，那就等着发 5 分的文章吧。