寻找转录因子与基因启动子的结合点

经过 EMSA、 DNase1 足迹实验、甲基化干扰实验、体内足迹实验、 Chip-on-chip 等方式，终于落实了转录因子跟基因的关系，继续探索转录因子跟该基因的启动子的结合位点在哪里？ 

第一步，要确定到启动子在哪？（怎么确定启动子？ 一般查阅外文文献，老外把从转录起始位点开始上溯 2K－3K 的区间算做是启动子。） 

第二步，就是要确定具体的结合位点序列？（启动子这么长，怎么知道具体的结合位点序列？）

如何预测转录因子跟基因启动子结合位点在哪里？干货来了，看这里了（敲黑板！）

1、以转录因子 Nf-KB 和 Ankh 基因为例，用 UCSC 在线网站锁定启动子范围，在左栏选择 Table  browes。

2、在 clade 选择 Mammal，genome 选择 Human，assmebly 选择最新的数据库，gene 中输入 ANKH,在 track 中选择 RefSeq Genes，在 output format 中选择 sequence,点击 get output,根据需要选择序列，选择 genomic-submit。

3、选择 Promoter/Upstream by 2000 bases，选 Exons in upper case, everything else in lower case （外显子大写，其他小写）。

结果如下：大写字母是基因外显子区，大写字母前面的 2000 个小写字母就是预测的启动子区，复制粘贴保存到文本中。

当我们确定启动子以后，接下来就是要确定具体的结合位点序列了，好紧张！

打开 PROMO 数据库，业界良心！首页就来送助攻：查找转录因子结合位点操作步骤。

1、如助攻提到的，先点击黄色左栏 SelectSpecies,选择物种, 点击 Submit。

2、再点击黄色左栏 SelectFactors，选择转录因子, 点击 Submit。

3、接着点击 SearchSites,将之前锁定的启动子区序列粘贴到特定位置，点击 Submit。

4、目标出现！结果中的一个位点 TGGGAAATACCT 就是预测到的 nf-kb 结合在 Ankh 启动子的最佳位点。

同一个基因的启动子都是可长可短的，只是不同长度可能启动子的活性不一样。真核生物一般都是认为在第一外显子上游的 2kb 以内（也有 2kb 以外的）。转录因子不同的预测方法（除了 PROMO，还可用 Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC 等数据库）结果都不一样，最终只有实验验证的才准确。