实时荧光定量PCR的优化（五）

想要提高探针的的效果，可以考虑在探针上采用LNA（锁核酸）碱基或MGB（小沟结合剂）基团。

这样做的效果是：

1、增强探针与靶序列的杂交强度。增强结合的特异性后，背景噪声降低，从而提高整个实验的灵敏度。

2、一般为满足设计要求，AT序列丰富的探针需要长达40个核苷酸。通过LNA碱基或MGB的取代，可以将长度减少至13～20个核苷酸，而不影响效果。

为什么这样的方法可以提高探针的效果？

LNA碱基是一种核苷酸类似物，其化学结构可以限制DNA构象为理想的Waston-Crick双螺旋结构。每插入1个LNA碱基，可以使Tm值增加3～6°C。

MGB基团是一个能结合到DNA小沟的三肽分子，能与互补的单链DNA高特异性、高强度地结合。

例如SNP基因分型实验，要求所有引物、探针复性温度一致的多重PCR实验，就很适合使用这个方法。