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常见的DNA损伤类型有哪些？
发布时间： 2021-10-25 点击次数： 4971次说起DNA损伤修复，相信大家都很熟悉，但小编今日还是要跟大家再唠唠这个话题，讲讲在二代建库中，如果DNA存在损伤，那常见的损伤类型有哪些呢？而这些损伤又是如何进行修复的呢？
损伤的形成
常见的DNA损伤有两种，一种是由DNA复制中的错误或DNA自发性的化学变化引起的自发性损伤，一种是由物理或化学等外界环境因素引起的被动性损伤。这些损伤如果发生在活体中，会由机体进行自发性修复，但如果损伤严重，不能*修复，长时间则会引起机体老化或肿瘤等疾病的发生。
在建库过程中，我们遇到的DNA损伤多为外界环境引起的被动性损伤，如高温，紫外照射，甲醛固定等等，而这些损伤既不是机体本身具有的，也不能通过机体自身的机制来进行修复，所以，为了获得准确的样本基因信息，后期的人为修复是定不可少的啦！
常见的损伤类型及修复模式
针对FFPE，cfDNA样本，影响文库构建的常见损伤类型可以分为：胞嘧啶脱氨，AP位点，Gap，Nick，3’端封闭等，接下来，小编对这几种损伤进行简单的介绍：
胞嘧啶脱氨
是指胞嘧啶的环外氨基在亚硝酸盐等氧化剂存在的情况下发生脱落，形成尿嘧啶，原本的CG位点就变成了UG位点。修复时，新形成的尿嘧啶可被专一的N-糖苷酶切除，然后用AP核酸内切酶打开磷酸二酯键，进行切除修复。
AP位点
又被称为脱嘌呤或嘧啶位点：AP核酸内切酶可识别DNA上的AP位点，切开AP位点附近的DNA链，然后在DNA聚合酶和DNA连接酶的作用下完成修复。
Gap和Nick均属于单键断裂
Gap和Nick均属于单链断裂的损伤类型，多由氧化或β糖苷键发生水解造成。在修复时，会有相应的DNA聚合酶和DNA连接酶进行损伤位点的识别与感应，完成断裂单链的修复。
3‘端封闭
最后再说说3‘端封闭，一般是3‘末端被其他基团封闭造成，DNA分子不能正常进行延伸或连接反应。这种损伤类型的修复方式需要将封闭的基团切除，暴露出羟基，再由DNA聚合酶和DNA连接酶来完成修复。
图1. DNA损伤后修复建库示意图
以上提到的5种损伤形式，都会影响文库的正常构建以及样本基因信息的准确性。
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