PCR凝胶电泳问题，全都总结出来了！

1.Marker相关问题

1.1Marker 不直，偏斜或拖尾

原因：

1.胶配制的问题，制作不均匀或有污染或琼脂糖质量不好；

2.电泳缓冲液过于老旧，考虑更换；

3.电压太高，凝胶受热导致不均匀；

4.电泳槽的电极歪斜；

1.2Maker 跑不开

原因：

1.胶浓度太大；

2.电泳时间太短；

2.PCR产物相关问题

2.1没条带

原因：

没跑出来

2.2条带微弱

原因：

1.DNA降解

2.上样量过少

3.没跑出来，产物浓度过低，需再次PCR

2.3非特异性扩增

原因：

1.引物设计不合理。需重新设计引物，balst检测引物特异性；

2.试剂被污染。包括水，酶，引物等。重新更换；

3.退火温度太高。提高退火温度，增加退火时间，减少循环数；

4.酶加入过多；

2.4 PCR产物弥散，拖尾或偏斜，Maker正常

原因：

1. 引物保存不当，降解。重新配制引物工作液。

2.模板降解或过量。重新检查模板质量，减少模板用量。

3.非特异性扩增。提高退火温度，增加退火时间，减少循环数。

4.酶量过多或酶的质量差。

5. 有蛋白和盐的污染。

2.5 PCR产物和Maker 都弥散或拖尾

原因：

1.胶配制的问题，制作不均匀或有污染或琼脂糖质量不好；

2.电泳缓冲液过于老旧，考虑更换。

3.电压太高，凝胶受热导致不均匀。

2.6 PCR产物与目的大小不符合

原因：

1.引物特异性不好。需重新设计引物，balst检测引物特异性。

2.存在新的异构体。

3.是目的基因，但大小有差异（我遇到过）。胶回收过后再次电泳条带变为正常大小。遇到这个情况可以测序看看结果。

2.7 电泳孔亮

原因：有蛋白或者多糖的污染，这些大分子物质影响了DNA或RNA的出孔，使其停留在孔中或者出孔很慢。导致孔以及接近孔的位置很亮。

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