什么是基因编辑技术？（上）

一、前言

每一个生命个体都是由无数精妙的生物分子共同组成的。而其中的DNA就像是生命的蓝图，DNA中的每一段特定序列，即我们所称的基因，各自承担着特定的生物学功能。它们共同调控着生物体的生长、发育、繁殖等一系列复杂的生命过程。然而，并非所有基因都是十全十美的，有时候，基因中的一点小小改变，就可能导致疾病的产生。但如果我们能够像编辑文字一样编辑这些基因，那我们就有可能修复这些错误，治疗疾病，甚至创造出新的生命形式。这个想法并非遥不可及。在21世纪的今天，一种名为"基因编辑"的技术正在逐渐实现这个梦想，它正在深刻地改变我们对生命的理解和认知。

自1970年以来，基因工程已经成为一种在生物体中引入新遗传成分的主要手段。但这项技术有一个显著的缺点：DNA的插入是随机的，不能精确地将基因定位到生物基因组内的特定位点。这种随机性可能会损害或改变宿主基因组中的其他基因。

为了解决这个问题，科学家们开始研发一系列的基因编辑技术。这些技术不仅能在基因组中插入新的基因，还能精确地将这些基因定位到特定的位置，避免对其他基因的无意干扰。基因编辑技术的出现，使得我们能够从“粗糙"的基因操作，转变为“精细"的基因操作。这一系列突破性的研究不仅提高了基因操作的准确性，也为我们解决遗传疾病和开发新的生物技术提供了更多可能性。

二、基因编辑的原理

基因编辑的原理通常涉及到一种被称为"分子剪刀"（如CRISPR-Cas9，ZFNs或TALENs等）的工具，它可以在DNA链的特定位置将其切断。这个位置是由一段引导RNA（gRNA）确定的，它能够与目标DNA序列精确配对。一旦DNA被切断，细胞的自我修复机制就会启动，试图修复这个断裂。

当DNA双链断裂（DSBs）发生时，细胞会启动一系列复杂的自我修复机制，试图修复这个断裂。这些机制包括同源重组修复（HR）、非同源末端连接（NHEJ）、选择性末端连接（a-EJ）和单链退火修复（SSA）。

同源重组修复（HR）：同源重组修复（HR）是一种精确的DNA修复机制，但它需要一个同源的DNA模板来指导修复过程。同源模板通常来自于同源染色体或者姐妹染色单体。在基因编辑中，我们可以为人提供一个包含我们希望插入或替换的DNA序列的同源模板。通过精确控制模板的序列，我们就可以实现精确的基因编辑。但需要注意的是，HR机制主要发生在细胞的S期和G2期，因为这两个阶段细胞具有可供参考的姐妹染色单体。因此，在使用HR机制进行基因编辑时，我们通常需要考虑到细胞周期的影响。

非同源末端连接（NHEJ）：非同源末端连接（NHEJ）可以将断裂的两个DNA末端直接连接起来，而不需要同源性模板。这种机制的优点是可以在任何阶段的细胞周期中进行，而不受细胞分裂阶段的限制。NHEJ的缺点是它不是一个精确的修复机制。在末端连接的过程中，可能会丢失或插入一些核苷酸，导致基因序列的改变。这种改变可能会导致基因的功能丧失或改变，所以NHEJ常常在无法提供同源模板的情况下被用于实现基因的突变和敲除。

选择性末端连接（a-EJ）和单链退火修复（SSA）：这是两种辅助性的DNA修复机制，它们在特定的条件下被激活。a-EJ是一种不依赖于DNA-PKcs的末端连接机制，通常在非同源末端连接（NHEJ）不能正常工作时被激活。单链退火修复（SSA）则是一种依赖于大量的末端单链切除的修复机制。在SSA过程中，两个断裂的DNA末端会被切除成单链，然后这两个单链会寻找并退火到相同的序列，最后通过切除和连接的方式修复断裂。这两种修复机制都需要对断裂的DNA末端进行大量的切除，以形成单链DNA，这可能会导致一些遗传信息的丢失。因此，它们都不是精确的修复机制。但在基因编辑中，我们可以巧妙地利用这些机制来实现特定基因的突变和敲除。

而在DNA的自我修复过程中，科学家可以利用一种被称为"修复模板"的DNA片段来引导修复过程。这个修复模板包含了科学家想要插入、删除或更改的DNA序列。当细胞的修复机制被激活时，它就会使用这个修复模板来修复DNA断裂。

三、锌指核酸酶技术（ZFN）

锌指核酸酶（ZFN）技术的发展始于20世纪80年代。当时的科学家在非洲爪蟾的调节因子中发现了锌指蛋白（zinc finger protein，ZFP）。这种蛋白能够识别并结合到特定的DNA序列。后来，科学家发现通过改造这些蛋白可以将其与FokI酶结合，产生成为一个能够在特定DNA序列处切割DNA的工具，前者负责识别，后者负责切割DNA。这就是锌指核酸酶。

1、ZFN技术的原理

ZFN由两部分组成：锌指蛋白（ZFP）和FokI内切酶。ZFP是一种DNA结合蛋白，它可以识别并结合到特定的DNA序列。FokI内切酶是一种核酸酶，它可以切割DNA。这两部分结合在一起，形成了一种可以在特定位置切割DNA的工具。

FokI内切酶：FokI内切酶是ZFN的切割部分。它是一种核酸酶，可以在DNA双链上产生切口。然而，FokI内切酶只有在形成二聚体的情况下才能工作。这也就意味着需要两个ZFN分子在相邻的DNA序列上结合，才能形成一个有效的FokI内切酶二聚体，从而切割DNA。

DNA切割和修复：当ZFN在特定的DNA序列上产生切口后，细胞的DNA修复机制就会启动。这通常会通过两种途径进行：非同源末端连接（NHEJ）或同源重组（HR）。NHEJ是一种错误修复机制，它会在DNA切口处随机添加或删除碱基，从而导致基因突变。HR则是一种精确的修复机制，它需要一个与切口处的DNA序列相匹配的模板，接着按照这个模板精确地修复切口。通过提供一个含有所需变更的DNA模板，科学家们就可以利用HR机制来进行精确的基因编辑。